Il va se ranger, afin de servir ses propres intérêts, ainsi que ses hommes, du coté de Cloud, leur ancien ennemi, pour tenter de lutter contre le gang de Kadaj, alors à la recherche de Jenova. Rufus sait cependant parfaitement que les gènes de cette créature ne doivent absolument pas tomber entre leurs mains, et va tout faire pour que ça n'arrive pas, quitte à mettre en oeuvre une scène ou il ferait croire à Kadaj qu'il risquerait jusque sa vie afin de le tromper et le pousser à tomber dans le vide pour récupérer la tête qu'il aura lui même lancé du haut d'un immeuble.
Malgré son état d'infirmité, Rufus n'a rien perdu de sa détermination... Alors qu'il a été emmené au sommet d'un immeuble par Kadaj pour contempler le spectacle, il profitera d'une inattention de ce dernier pour se relever de sa chaise roulante, à la surprise de tous, virer la cape blanche qui dissimulait son visage ainsi que son bras gauche... Où il tient le coffret contenant la tête de Jenova. Depuis le début, s'étant complètement joué de son adversaire, Rufus lancera alors le coffret dans le vide sous le regard de Kadaj, qui laisse ensuite place à la fureur, et attaque le Président, les faisant tomber tous les deux à la suite du coffret...
Alors qu'il chute vers une mort certaine, Rufus, montrera là l'identique détermination que celle qu'il avait en voyant arriver les tirs de l'Arme droit sur son immeuble, il dégainera son arme et ouvrira le feu en direction du coffret pour anéantir définitivement les restes de Jenova. Il ne parviendra qu'à le toucher superficiellement, avant d'être sauvé "in extremis" par les Turks qui déployèrent un filet pour lui éviter de s'écraser sur le sol.